Przeprowadzone pilotażowe sekwencjonowanie genomu wirusa SARS-CoV-2 z 12 próbek ujawniło występowanie w regionie niewykrytej dotąd w Polsce odmiany oraz jednej dominującej – u pacjentów wymagających hospitalizacji.
W Polsce w ostatniej dobie odnotowano 12 100 nowych zakażeń koronawirusem. Najwięcej pochodzi z województw: mazowieckiego – 2272, śląskiego – 1272 i pomorskiego – 1050. Zmarło 303 chorych – 55 z powodu COVID-19, natomiast 248 z powodu współistnienia COVID-19 z innymi schorzeniami. Wykonano prawie 57 tys. testów. Aktualny bilans pandemii w Polsce to 1 696 885 wykrytych zakażeń, 43 656 zgonów i 1 414 461 ozdrowień. Dotąd wykonano także prawie 3,27 mln szczepień.
W powiecie raciborskim jest 22 nowych zakażeń i jeden zgon.
Obecność pięciu różnych wariantów koronawirusa w województwie śląskim, w tym odmiany brytyjskiej, potwierdzili naukowcy z Laboratorium Genetycznego Gyncentrum.
Przeprowadzone pilotażowe sekwencjonowanie genomu wirusa SARS-CoV-2 z 12 próbek ujawniło występowanie w regionie niewykrytej dotąd w Polsce odmiany oraz jednej dominującej, u pacjentów wymagających hospitalizacji. – 4 z 5 wykrytych wariantów to odmiany spotykane najczęściej w Wielkiej Brytanii, w tym B.1.1.7 – zwany wariantem brytyjskim, który może okazać się bardziej transmisyjny, czyli łatwiej rozprzestrzeniać się w populacji. Był on obecny w dwóch badanych próbkach – mówi Emilia Morawiec, zastępca kierownika Laboratorium Genetycznego Gyncentrum i koordynator projektu.
Naukowcy wykryli też odmianę nienotowaną wcześniej w Polsce oznaczoną jako B.1.1.86, która według baz danych występuje głównie w Wielkiej Brytanii, Stanach Zjednoczonych i Japonii oraz jedną spotykaną najczęściej w Rosji.
Uwagę badaczy zwrócił też wariant B.1.258, który powiązany jest z Wielką Brytanią, Danią i Szwajcarią. – O tym, że jest on obecny w Polsce, wiedzieliśmy już wcześniej. To, co nas zastanowiło, to fakt, że cztery próbki z pięciu, w których występował, pochodziły od pacjentów hospitalizowanych. To oczywiście zbyt mała próba, aby wyciągać wnioski, niemniej jest to punkt wyjścia do dalszego etapu naszego projektu, w którym będziemy weryfikować także parametry kliniczne i wyniki badań pacjenta w zależności od wariantu SARS-CoV-2 – tłumaczy Emilia Morawiec.
Placówka współpracuje z Urzędem Marszałkowskim Województwa Śląskiego. Jej działalność została wsparta funduszami unijnymi w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Śląskiego. W projekcie uczestniczy Śląski Uniwersytet Medyczny, zaś celem porozumienia o współpracy naukowo-badawczej między Laboratorium Genetycznym Gyncentrum i SUM jest ocena różnorodności występowania wariantów wirusa SARS-CoV-2 w populacji województwa śląskiego. Efektem badań prowadzonych we współpracy z klinicystami może być ustalenie, czy dany wariant znacząco wpływa na przebieg COVID-19 oraz ustalenie algorytmu, pozwalającego leczyć pacjentów szybciej i bardziej wydajnie.
Projekt zakłada również sekwencjonowanie współwystępujących w badanym materiale ok. 40 innych patogenów wywołujących zakażenia układu oddechowego, w tym wirusów grypy A i B wraz z ich wariantami, ludzkich koronawirusów, adenowirusów, rinowirusów, wirusów paragrypy czy RSV. W żadnej z analizowanych w pilotażowym badaniu próbek nie wykryto wirusa innego niż SARS-CoV-2.
Jak wyjaśnia prof. dr hab. n. med. Tomasz J. Wąsik, kierownik Katedry i Zakładu Mikrobiologii i Wirusologii Wydziału Nauk Farmaceutycznych Śląskiego Uniwersytetu Medycznego, ze względu na dużą mobilność ludzi, zagęszczenie populacji i zmiany klimatyczne, stale wzrasta zagrożenie ze strony nowych lub nawracających wysoce niebezpiecznych patogenów.
– Koronawirusy, czyli wirusy RNA powszechnie występujące u ptaków i ssaków, są związane z zazwyczaj łagodnymi zakażeniami układu oddechowego, nerwowego, jelit i wątroby. Niepokojącą cechą tej grupy wirusów jest jednak stosunkowo duża zmienność genetyczna i pojawianie się okresowo wariantów wywołujących ciężki przebieg zakażenia. Ponadto wirusy te mają zdolność przełamywania bariery gatunkowej. W ten sposób doszło do epidemii SARS w 2002 i MERS w 2012, zaś w grudniu 2019 r. w Chinach w prowincji Hubei doszło do przełamania bariery gatunkowej nietoperz – człowiek przez przedstawiciela jednego ze zwierzęcych koronawirusów i powstał nowy wirus SARS-CoV-2 wywołujący zespół chorobowy określany jako COVID-19 – tłumaczy prof. Wąsik.
Badania struktury genomu pozwalają nie tylko na zrozumienie mechanizmów cyklu replikacyjnego, typów i rodzajów kodowanych białek, ale także, a może przede wszystkim, pozwalają określić stopień jego zmienności genetycznej w trakcie rozwoju pandemii i wyodrębnienie podtypów wirusa występujących z różną częstością w poszczególnych populacjach. – Okazuje się, że takie „centra mutacyjne” są różne dla wariantów wirusa pochodzących z Azji i Europy czy Ameryki Południowej. Istnieją doniesienia, w których wykazano powiązania pomiędzy śmiertelnością a wariantami wirusa krążącymi w danej populacji. Wyniki przeprowadzonych do chwili obecnej kilku badań poświęconych analizie ewolucji SARS-CoV-2 pozwoliły na rekonstrukcję drogi, którą wirus przebył od nietoperzy do mieszkańców miasta Wuhan i określić główne drogi jego dalszego rozprzestrzeniania – ocenia prof. Wąsik.
oprac. /kp/
