Problemem są m.in. nadużycia, które coraz częściej pojawiają się w programie. Szczególnie dotyczy to wniosków o najwyższe dofinansowanie.
NFOŚiGW od sześciu lat realizuje program „Czyste Powietrze”. W jego ramach można otrzymać dofinansowanie do wymiany źródeł ciepła i termomodernizacji w domach jednorodzinnych. Zdaniem ekspertów Konfederacji Lewiatan choć program był wielokrotnie zmieniany, nadal wymaga modyfikacji, ponieważ generuje poważne problemy. – Oferuje on bezprecedensowe w Polsce, w Europie, a może i na świecie, dotacje dla osób fizycznych – do 135 tys. zł. Tygodniowo napływają wnioski nawet na ok. 400 mln zł. Jego oficjalny budżet wynosi 103 mld zł, ale tak do końca nie wiadomo, skąd NFOŚiGW zamierza wziąć te pieniądze – wskazują.