Przedsiębiorcy mają problemy z obsługą systemu, konfiguracją sprzętu z systemami fakturującymi czy dotarciem do odpowiedniej wiedzy, by przeszkolić pracowników.
Rzecznik Małych i Średnich Przedsiębiorców Adam Abramowicz zaapelował do ministra finansów o przesunięcie w czasie wdrożenia Krajowego Systemu e-Faktur. Ma on wejść w życie 1 lipca dla czynnych podatników VAT, a od 1 stycznia 2025 r. dla podatników zwolnionych z VAT. Przedsiębiorcy od kilku tygodni mogą dobrowolnie korzystać z KSeF, jednak ich doświadczenia są różne.